Michels farvel kommer i kølvandet på en belgisk regeringskrise.
Landets største parti, det flamske parti N-VA, har trukket sig fra regeringen efter uenighed om FN's nye migrationspagt. Det højreorienterede parti mener, at Belgien ikke burde have underskrevet aftalen.
Også i de belgiske gader har befolkningen udtrykt sin utilfredshed med, at landet har underskrevet aftalen.
Formålet med migrationspagten er ellers at sikre migration under ordnede forhold.
Danmark gav i sidste uge sin støtte til erklæringen, der ifølge regeringen dog ikke er juridisk bindende.
Kritikere af migrationspagten mener, at den giver flygtninge for gode vilkår.
Charles Michel har tidligere afvist at afholde et tidligt valg. Det næste belgiske valg skal efter planen holdes i maj 2019.